电泳涂装生产线的清洁工作往往被人忽视，但却对整个工作结果有着极其重要的影响力，所以应该从设备安装完成后就要开始了，进入到涂装前的深度清洁阶段，为保证产品的涂装质量提供良好的基础。
电泳涂装生产线深度清洁不是随意进行的，其原则是由上而下、由内而外、由粗到细，其中较为重点是喷漆室、烘房和供风系统，都要使其达到相应的清洁标准。
深度清洁中，电泳涂装生产线的预处理、电泳投槽前的清洁也很重要，尤其是电泳槽，如果清洁得不彻底很可能会造成电泳缩孔，而一旦形成缩孔将会在很长一段时间内无法解决。
将设备清扫干净后，在所有的槽中都放满自来水，使其循环24h以上；排放后再放上自来水，这次要投入一定比例的脱脂剂，循环清洗，可以加热的槽则加热清洗8h以上，再排放。要牢记的是，一定要将设备冲洗干净，再加水洗干净。
电泳涂装生产线中的预处理表调以后各槽，加去离子水循环清洗后就可以了。电泳槽则还得加酸、加溶剂进行循环清，完成整会后还要取样检车，清洁合格之后才能投入运用。
同样比较复杂的还是电泳涂装生产线中的自动喷涂输调漆系统的清洁，在清洗前需要计算调漆罐、输漆罐及循环管路的体积，以确定清洗材料的大致用量；同时还要对调漆间供漆系统的外部进行清洁。
另外，可以在输漆管道系统预先用压缩空气吹，以除去管道中易分离的金属屑和灰尘。待上述工作结束后，才能进行正式的清洗工作。当电泳涂装生产线的深度清洁完成后，可以开始生产性调试。
